Brünnben, a mai Szent Jakab téren álló Szent Jakab templom a XIII. században épült, körülötte ekkor alapították a város legnagyobb temetőjét is, mely bővítése a városfejlődés során, a városfalakon belüli elhelyezkedése miatt korlátozottá vált. Mivel a temető kapacitása a városigényeket egyre nehezebben tudta kielégíteni, így a korra jellemző új temetkezési szokások szerint, 10-12 évvel a temetést követően a testeket exhumlták, helyükre új testet temettek és a régi csontmaradványokat a föld alatt kialakított építményekben – osszáriumokban helyezték el.
A brünni Szent Jakab templom alá –vélhetően a XVII században- egy háromkamrás kriptát építettek az új temetkezési szokásnak megfelelően a csontmaradványok elhelyezésére. A középkori pestis- és kolerajárványok idején a termek hamar megteltek. 1741-ben az osszáriumot bővíteni kellett a városi temető alatt kialakított csontkamrával, majd elkészült tervek szerint ezek összekötésével, mely terveket végül nem valósította meg a városvezetés.
II. József reformjai 1784-ben a csontkamra higiénés okok miatti bezáráshoz vezettek. A maradványok a kriptába kerültek, a temető falait lebontották, a templom körüli teret pedig a sírkövekkel burkolták le.
Az osszárium annak 2001-es ásatásáig feledésbe merült. Ekkor került ismét feltárásra, és ekkor kezdték el a régészeti munkálatokat. A csontkápolna a 2014-es újranyitáskor nyerte el jelenlegi tereit, egy részben meghagyva az eredeti csontmaradványok halmozásával.
A tereket egyéni sétával járva, a Csontkápolnában Milos Stredon komponált zeneműve hallható.
